Le Reaper est utilisé principalement comme moyen de collecte de renseignements et secondairement contre des cibles d'exécution dynamiques. Compte tenu de son temps d'attente important, de ses capteurs à large portée, de sa suite de communications multimodes et de ses armes de précision, il offre une capacité unique pour effectuer des frappes, des coordinations et des reconnaissances contre des cibles de grande valeur, éphémères et sensibles au facteur temps. Les Reapers peuvent également effectuer les missions et tâches suivantes : renseignement, surveillance et reconnaissance, appui aérien rapproché, recherche et sauvetage au combat, frappe de précision, copain-lase, surveillance de convoi et de raid, dégagement d'itinéraire, développement d'objectifs et guidage aérien terminal. Les capacités du MQ-9 le rendent particulièrement qualifié pour mener des opérations de guerre irrégulière à l'appui des objectifs des commandants de combat.